資源環境問題的解決，是一個龐大而復雜的系統工程，尤其是水資源污染問題，直接關系到百姓切身利益。如何做好水污染防止專項資金審計，應做好“四個摸清”和“一個監督。一是摸清被審計地區各級財政對水污染防治資金管理、水污染防止項目規劃情況；二是摸清水污染防治項目招投標、施工建設、可行性情況；三是摸清各級政府對水污染防治項目安排和資金配套的規模、增減變動情況；四是摸清各級財政具體投入水污染防治資金的分配、撥付情況；五是監督部門做好監督，加大力度查處主管部門與項目單位在水污染防治資金管理使用中的重大違紀違法問題以及不作為、慢作為和亂作為問題，關注有無虛列支出、擠占挪用等問題，有無弄虛作假重復申報項目套取騙取資金，中飽私囊，謀取私利，失職瀆職等問題。